優(yōu)質(zhì)烴源巖的形成關(guān)鍵在于有機(jī)質(zhì)的高產(chǎn)與有效保存。迅速沉積和掩埋是保存有機(jī)物質(zhì)的重要手段，但沉積物中的細(xì)菌活動(dòng)卻會(huì)對(duì)有機(jī)物造成破壞。好氧細(xì)菌依賴(lài)上覆水中溶解的游離氧來(lái)分解沉積物/水界面上的植物和動(dòng)物遺骸，而厭氧細(xì)菌則在更深層利用發(fā)酵過(guò)程分解有機(jī)物并產(chǎn)生生物甲烷。這些細(xì)菌活動(dòng)通常局限于沉積物的上部60厘米范圍內(nèi)，因此，快速的沉積掩埋過(guò)程可以縮短細(xì)菌的活動(dòng)時(shí)間，進(jìn)而有利于有機(jī)質(zhì)的保存。

缺氧的水體環(huán)境也有助于加強(qiáng)有機(jī)物的保存。當(dāng)水的密度分層導(dǎo)致底層缺氧時(shí)，會(huì)形成不利于氧氣循環(huán)的底層環(huán)境。這種現(xiàn)象常見(jiàn)于湖泊、瀉湖和淺海等水域，其中新鮮的河水進(jìn)入密集的咸水體，淡水層漂浮在鹽水層之上，密度差異阻止了上層光合作用產(chǎn)生的氧氣向下層滲透。在缺氧環(huán)境中，好氧細(xì)菌和以沉積物為食的生物無(wú)法生存，從而減緩了有機(jī)物的腐爛速度。同時(shí)，厭氧細(xì)菌的不完全分解作用促進(jìn)了有機(jī)物向石油的轉(zhuǎn)化。

(提供分層、缺氧湖泊的示意圖模型，展示出季節(jié)性分層與永久性分層的差異)揭示了內(nèi)陸海，例如黑海和死海，以及湖泊，例如美國(guó)西部的大鹽湖，所經(jīng)歷的密度分層與氧氣消耗情況。此外，這種密度分層現(xiàn)象同樣出現(xiàn)在環(huán)流較少、水域?qū)掗熎教沟拇箨懠苌�。在海洋環(huán)境中，大約200米深的地方存在一個(gè)缺氧區(qū)域，而較淺和較深的水域則氧氣更為豐富（見(jiàn)圖3）。海平面的上升可能使得這個(gè)缺氧區(qū)域上升至足以覆蓋大陸架的高度，這類(lèi)似于Cenomonian時(shí)期的情況，當(dāng)時(shí)全球范圍內(nèi)的最大海侵創(chuàng)造了富含有機(jī)物的頁(yè)巖。